16S全长通用引物：
或
8F/1492R使用最普遍，效果的确不错；但我们的经验是sgF/sgR（上海生工公司扩16S推荐的引物）效果更好。这2对引物对应的PCR产物都在1.5kb左右。
16S V6区通用引物：
这对引物也是我们用过的，效果很好。对应的PCR产物约90bp（V6区平均长度80-100bp，一说79bp）。
引物到后，先在迷你离心机上短暂离心，将黏附在管口、管壁、管盖的核苷酸粉末甩到管底，然后在超净台操作（因为16S序列所有细菌里都有，扩增时很容易混入杂菌，因此本实验涉及的每一种试剂、耗材都要非常小心，保证无污染）：按照引物合成单的说明，加入灭菌的TE缓冲液，如果没有，灭菌的双蒸水也行（注意每OD加入量不等于最终加入量，一般引物合成是2OD）。溶解核苷酸粉末后，用枪头吹吸混匀。取5μL溶液转移到另一个灭菌的EP管，加入45μL灭菌的双蒸水，即稀释10倍，此时引物浓度为10μM，也就是工作浓度。最好分装保存，避免多次使用导致反复冻融，造成引物不稳定。
以genomic DNA为模板，最适模板量为0.1-10 ng，多了可能引发非特异性扩增，少了可能扩不出来，所以要先稀释。PCR体系建议25μL，效果远好于50μL。推荐用TAKARA的LA Taq（保真度是普通Taq的6.5倍，扩增效率也较高）或FINNZYMES的Phusion（保真度是普通Taq的50倍，pfu的6倍），以保证16S测序结果可信。
PCR体系：
模板 1μL
引物F 0.5μL
引物R 0.5μL
dNTP（10 mM） 0.5μL
LA Taq（5U/μL） 0.5μL
10×PCR buffer 2.5μL
灭菌水 19.5μL
总体积 25μL
模板 1μL
引物F 0.5μL
引物R 0.5μL
Phusion 12.5μL
灭菌水 10.5μL
总体积 25μL
注意：1、PCR加样过程要在超净台进行。操作前先开紫外灯30 min，关闭后再开风机10 min，再用酒精棉球清洁台面和双手，方可开始操作。
2、一定要做阴性对照（不加模板，其余成分都加）！
3、所用PCR管、枪头、水均须严格灭菌。
4、加样过程中，每一管管盖开的时间不要太久，加完立刻扣上盖子，再加下一管，避免交叉污染（genomic DNA浓度通常很高，在空气中容易逸散）。
5、加样在冰盒上操作，加完轻轻吹吸，短暂离心，保证各组分均匀混合。
PCR程序：
针对全长：
94℃ 4 min
94℃ 30 s
72℃ 90 s
72℃ 10 min
4℃ ∞
针对V6区：
94℃ 4 min
94℃ 30 s
72℃ 10 s
72℃ 5 min
4℃ ∞
注意：Phusion的扩增效率较LA Taq低，所以如果Phusion扩不出，可适当增加3-5个循环数。
电泳检测：
配制1%（16S全长）或3%（V6区）琼脂糖凝胶——样品PCR产物和阴性对照PCR产物各取4μL，混合0.5μL 6×loading buffer点样，并点DL2000 Marker（16S全长）或50 bp ladder Marker（V6区）——1×TAE，115V，电泳45-60min——EB染色15 min——紫外凝胶成像仪拍摄电泳照片
正确的结果应该是：1.5kb单一亮带（16S全长）或稍小于100bp（V6区）单一亮带，阴性对照无条带。
本文来源：https://www.2haoxitong.net/k/doc/9661dff4ba0d4a7302763a94.html
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