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RIP测序
RIP-seq(RNAimmunoprecipitationandhigh-throughputsequencing)是RNA免疫沉淀与高通量测序结合的技术,它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并对其结合强度进行精确定量,最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化,阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。
RIP-seq技术并不局限于miRNA与RBP(RNA结合蛋白)的传统研究,许多研究发现了lncRNA和蛋白的互作,而lncRNA通过多种的分子机制参与到广泛的生物学过程中,RBP与lncRNA的互作网络为lncRNA的细胞机制和疾病的发生、发展提供了新的研究线索和方向。
与CLIP-seq(紫外交联免疫沉淀结合高通量测序)相比,RIP-seq省略了紫外交联步骤,操作更加简单,成功率更高。
技术参数
>>>>样品准备50ngRNA2×108细胞量
测序策略300bpRNA文库HiSeqPE150测序
推荐数据
一般测序数据量:3Gbcleandata大测序数据量:6Gbcleandata
周期>>>>>>>>80个工作日
建库方法技术流程
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