RIP介绍

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RIP测序
RIP-seqRNAimmunoprecipitationandhigh-throughputsequencing)是RNA免疫沉淀与高通量测序结合的技术,它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并对其结合强度进行精确定量,最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化,阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。
RIP-seq技术并不局限于miRNARBPRNA结合蛋白)的传统研究,许多研究发现了lncRNA和蛋白的互作,而lncRNA通过多种的分子机制参与到广泛的生物学过程中,RBPlncRNA的互作网络为lncRNA的细胞机制和疾病的发生、发展提供了新的研究线索和方向。
CLIP-seq(紫外交联免疫沉淀结合高通量测序)相比,RIP-seq省略了紫外交联步骤,操作更加简单,成功率更高。
技术参数
50ngRNA2×108细胞量
300bpRNA文库HiSeqPE150测序

一般测序数据量:3Gbcleandata大测序数据量:6Gbcleandata
80个工作日

建库方法技术流程


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技术特点
1)优化的RIP实验体系,RIP建库起始量低至30~50ngRNA
2)专攻IPChIPRIPCLIP)的博硕团队,拥有十年丰富的经验积累;
3)抗体选择辅助指导,并对抗体进行质检、效价分析,提供文章发表质量的IP报告;4)特有的Peakcalling技术;
5)提供个性化分析报告,可根据客户需要提供关联分析、解析目的蛋白调控机制。
部分结果展示
Peak在基因组各功能区的分布PeakUTRCDS区的分布

Peakmotif分析



案例解析
SRSF6调控可变剪接促进结直肠癌肿瘤发展
剪接因子SRSF6在结直肠癌中上调,且能促进癌细胞增殖、转移和侵袭,与不良预后相关.
结直肠癌细胞系SW620中的SRSF6敲除后,mRNA测序筛选差异可变剪接事件1158个,可变剪接事件为盒式外显子CA包括外显子跳跃和保留,SRSF6对外显子的跳跃和保留均有调控作用。这些可变剪接事件与细胞粘附分子结合途径、细胞骨架蛋白结合相关。
同时使用RIP测序寻找SRSF6结合的转录本,并关联分析SRSF6调控的可变剪接体和SRSF6结合的转录本,筛选到ZO-1(表达重要的细胞粘附分子)的23号外显子保留的可变剪接体在SRSF6敲除后显著
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增加,且23号外显子含有motif序列UGGACRIP实验验证SRSF6与该motif特异性结合。
在结直肠癌中,SRSF6表达上调,SRSF6ZO-123号外显子特异结合并引起外显子跳跃,促进结直肠癌的发展。
mRNA-seqRIP-seq关联分析筛选SRSF6调控关键基因
参考文献
WanL,YuW,ShenE,etal.SRSF6-regulatedalternativesplicingthatpromotestumourprogressionoffersatherapytargetforcolorectalcancer[J].Gut,2017:gutjnl-2017-314983.
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本文来源:https://www.2haoxitong.net/k/doc/5dc3aa155bcfa1c7aa00b52acfc789eb172d9ea9.html

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