基因芯片简介

基因芯片简介

　　随着人类基因组（测序）计划（ Human genome project ）的逐步实施以及分子生物学相关学科的迅猛发展，越来越多的动植物、微生物基因组序列得以测定，基因序列数据正在以前所未有的速度迅速增长。然而 , 怎样去研究如此众多基因在生命过程中所担负的功能就成了全世界生命科学工作者共同的课题。为此，建立新型杂交和测序方法以对大量的遗传信息进行高效、快速的检测、分析就显得格外重要了。

　　基因芯片（又称 DNA 芯片、生物芯片）技术就是顺应这一科学发展要求的产物，它的出现为解决此类问题提供了光辉的前景。该技术系指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于 400 ）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。早在八十年代， Bains W. 等人 就将短的 DNA 片断固定到支持物上，借助杂交方式进行序列测定。但基因芯片从实验室走向工业化却是直接得益于探针固相原位合成技术和照相平板印刷技术的有机结合以及激光共聚焦显微技术的引入。它使得合成、固定高密度的数以万计的探针分子切实可行，而且借助激光共聚焦显微扫描技术使得可以对杂交信号进行实时、灵敏、准确的检测和分析。正如电子管电路向晶体管电路和集成电路发展是所经历的那样，核酸杂交技术的集成化也已经和正在使分子生物学技术发生着一场革命。现在全世界已有十多家公司专门从事基因芯片的研究和开发工作，且已有较为成型的产品和设备问世。主要代表为美国 Affymetrix 公司。该公司聚集有多位计算机、数学和分子生物学专家，其每年的研究经费在一千万美元以上，且已历时六七年之久，拥有多项专例。产品即将或已有部分投放市场，产生的社会效益和经济效益令人瞻目。

　　基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上，所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析，从而解决了传统核酸印迹杂交（ Southern Blotting 和 Northern Blotting 等）技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足。而且，通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值，如基因表达谱测定、实变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等。

基因芯片的原理

　　基因芯片(gene chip)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，可以

用图11-5-1来说明。在一块基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。

　　基因芯片又称为DNA微阵列(DNA microarray)，可分为三种主要类型：1）固定在聚合物基片（尼龙膜，硝酸纤维膜等）表面上的核酸探针或cDNA片段，通常用同位素标记的靶基因与其杂交，通过放射显影技术进行检测。这种方法的优点是所需检测设备与目前分子生物学所用的放射显影技术相一致,相对比较成熟。但芯片上探针密度不高，样品和试剂的需求量大，定量检测存在较多问题。2）用点样法固定在玻璃板上的DNA探针阵列，通过与荧光标记的靶基因杂交进行检测。这种方法点阵密度可有较大的提高，各个探针在表面上的结合量也比较一致，但在标准化和批量化生产方面仍有不易克服的困难。3）在玻璃等硬质表面上直接合成的寡核苷酸探针阵列,与荧光标记的靶基因杂交进行检测。该方法把微电子光刻技术与DNA化学合成技术相结合，可以使基因芯片的探针密度大大提高，减少试剂的用量，实现标准化和批量化大规模生产，有着十分重要的发展潜力。

　　它是在基因探针的基础上研制出的，所谓基因探针只是一段人工合成的碱基序列，在探针上连接一些可检测的物质，根据碱基互补的原理，利用基因探针到基因混合物中识别特定基因。它将大量探针分子固定于支持物上，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。基因芯片通过应用平面微细加工技术和超分子自组装技术，把大量分子检测单元集成在一个微小的固体基片表面，可同时对大量的核酸和蛋白质等生物分子实现高效、快速、低成本的检测和分析。

　　由于尚未形成主流技术，生物芯片的形式非常多，以基质材料分，有尼龙膜、玻璃片、塑料、硅胶晶片、微型磁珠等；以所检测的生物信号种类分，有核酸、蛋白质、生物组织碎片甚至完整的活细胞；按工作原理分类，有杂交型、合成型、连接型、亲和识别型等。由于生物芯片概念是随着人类基因组的发展一起建立起来的，所以至今为止生物信号平行分析最成功的形式是以一种尼龙膜为基质的“cDNA阵列”，用于检测生物样品中基因表达谱的改变。

基因芯片的主要类型

　　目前已有多种方法可以将寡核苷酸或短肽固定到固相支持物上。这些方法总体上有两种，即原位合成（ in situ synthesis ）与合成点样两种。支持物有多种如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基（视所要固定的分子为核酸或寡肽而定）并与保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等。

　　原位合成法主要为光引导聚合技术（ Light-directed synthesis ），它不仅可用于寡聚核苷酸的合成，也可用于合成寡肽分子。光引导聚合技术是照相平板印刷技术（ photolithography ）与传统的核酸、多肽固相合成技术相结合的产物。半导体技术中曾使用照相平板技术法在半导体硅片上制作微型电子线路。固相合成技术是当前多肽、核酸人工合成中普遍使用的方法，技术成熟且已实现自动化。二者的结合为合成高密度核酸探针及短肽阵列提供了一条快捷的途径。

　　以合成寡核苷酸探针为例，该技术主要步骤为：首先使支持物羟基化，并用光敏保护基团将其保护起来。每次选取择适当的蔽光膜（ mask ）使需要聚合的部位透光，其它部们不透光。这样，光通过蔽光膜照射到支持物上，受光部位的羟基解保护。因为合成所用的单体分子一端按传统固相合成方法活化，另一端受光敏保护基的保护，所以发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。因此，每次通过控制蔽光膜的图案（透光与不透光）决定哪些区域应被活化，以及所用单体的种类和反应次序就可以实现在待定位点合成大量预定序列寡聚体的目的。

　　该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，那么工作量的巨大将是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过，尽管该方法看来比较简单，实际上并非如此。主要原因是，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很彻底，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而引起的光衍射问题，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。

　　除了光引导原位合成技术外，有的公司如美国 Incyte Pharmaceuticals 等使用压电打印法 (Piezoelectric printing) 进行原位合成。其装置与普通的彩色喷墨打印机并无两样，所用技术也是常规的固相合成方法。做法是将墨盒中的墨汁分别用四种碱基合成试剂所替代，支持物经过包被后，通过计算机控制喷墨打印机将特定种类的试剂喷洒到预定的区域上。冲洗、去保护、偶联等则同于一般的固相原位合成技术。如此类推，可以合成出长度为 40 到 50 个碱基的探针，每步产率也较前述方法为高，可达到 99% 以上。

　　尽管如此，通常原位合成方法仍然比较复杂，除了在基因芯片研究方面享有盛誉的 Affymetrix 等公司使用该技术合成探针外，其它中小型公司大多使用合成点样法。

　　后一方法在多聚物的设计方面与前者相似，合成工作用传统的 DNA 或多肽固相合成仪以完成，只是合成后用特殊的自动化微量点样装置将其以比较高的密度涂布于硝酸纤维膜、尼龙膜或玻片上。支持物应事先进行特定处理，例如包被以带正电荷的多聚赖酸或氨基硅烷。现在已有比较成型的点样装置出售，如美国 Biodot 公司的点膜产品以及 Cartesian Technologies 公司的 PixSys NQ/PA 系列产品。前者产生的点阵密度可以达到 400/cm2 ，后者则可达到 2500/cm2 。

基因芯片的相关技术

样品的准备及杂交检测

　　目前，由于灵敏度所限，多数方法需要在标记和分析前对样品进行适当程序的扩增，不过也有不少人试图绕过这一问题，如 Mosaic Technologies 公司引入的固相 PCR 方法，引物特异性强，无交叉污染并且省去了液相处理的烦琐； Lynx Therapeutics 公司引入的大规模并行固相克隆法 (Massively parallel solid-phase cloning) ，可在一个样品中同时对数以万计的 DNA 片段进行克隆，且无需单独处理和分离每个克隆。

　　显色和分析测定方法主要为荧光法，其重复性较好，不足的是灵敏度仍较低。目前正在发展的方法有质谱法、化学发光法、光导纤维法等。以荧光法为例，当前主要的检测手段是激光共聚焦显微扫描技术，以便于对高密度探针阵列每个位点的荧光强度进行定量分析。因为探针与样品完全正常配对时所产生的荧光信号强度是具有单个或两个错配碱基探针的 5-35 倍，所以对荧光信号强度精确测定是实现检测特异性的基础 [8] 。但荧光法存在的问题是，只要标记的样品结合到探针阵列上后就会发出阳性信号，这种结合是否为正常配对，或正常配对与错配兼而有之，该方法本身并不能提供足够的信息进行分辨。

　　对于以核酸杂交为原理的检测技术，荧光检测法的主要过程为：首先用荧光素标记扩增（也可以有其它放大技术）过的靶序列或样品，然后与芯片上的大量探针进行杂交，将未杂交的分子洗去（如果用实时荧光检测可省去此步 [9] ）这时，用落射荧光显微镜或其它荧光显微装置对片基进行扫描，采集每点荧光强度并对其进行分析比较。前已述及，由于正常的 Watson-Crick 配对双链要比具有错配碱基的双链分子具有较高的热力学稳定性。所以，如果探针与样品分子在不位点配对有差异则该位点荧光强度就会有所不同，而且荧光信号的强度还与样品中靶分子的含量呈一定的线性关系。当然，由于检测原理及目的不同，样品及数据的处理也自然有所不同，甚至由于每种方法的优缺点各异以至于分析结果不尽一致。

基本步骤

　　生物芯片是将生命科学研究中所涉及的不连续的分析过程(如样品制备、化学反应和分析检测)，利用微电子、微机械、化学、物理技术、计算机技术在固体芯片表面构建的微流体分析单元和系统，使之连续化、集成化、微型化。

　　生物芯片技术主要包括四个基本要点：芯片方阵的构建、样品的制备、生物分子反应和信号的检测。1、芯片制备，先将玻璃片或硅片进行表面处理，然后使DNA片段或蛋白质分子按顺序排列在片芯上。2、样品制备，生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应。可将样品进行生物处理，获取其中的蛋白质或DNA、RNA，并且加以标记，以提高检测的灵敏度。3、生物分子反应，芯片上的生物分子之间的反应是芯片检测的关键一步。通过选择合适的反应条件使生物分子间反应处于最佳状况中，减少生物分子之间的错配比率。4、芯片信号检测，常用的芯片信号检测方法是将芯片置入芯片扫描仪中，通过扫描以获得有关生物信息。

1、芯片制备

　　目前制备芯片主要以玻璃片或硅片为载体，采用原位合成和微矩阵的方法将寡核苷酸片段或cDNA作为探针按顺序排列在载体上。芯片的制备除了用到微加工工艺外，还需要使用机器人技术。以便能快速、准确地将探针放置到芯片上的指定位置。

2、样品制备

　　生物样品往往是复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应，有时样品的量很小。所以，必须将样品进行提取、扩增，获取其中的蛋白质或DNA、RNA，然后用荧光标记，以提高检测的灵敏度和使用者的安全性。

3、杂交反应

　　杂交反应是荧光标记的样品与芯片上的探针进行的反应产生一系列信息的过程。选择合适的反应条件能使生物分子间反应处于最佳状况中，减少生物分子之间的错配率。

4、信号检测和结果分析

杂交反应后的芯片上各个反应点的荧光位置、荧光强弱经过芯片扫描仪和相关软件可以分析图像，将荧光转换成数据，即可以获得有关生物信息。 基因芯片技术发展的最终目标是将从样品制备、杂交反应到信号检测的整个分析过程集成化以获得微型全分析系统（micro total analytical system）或称缩微芯片实验室（laboratory on a chip）。使用缩微芯片实验室，就可以在一个封闭的系统内以很短的时间完成从原始样品到获取所需分析结果的全套操作。

基因芯片的应用

　　1998 年底美国科学促进会将基因芯片技术列为 1998 年度自然科学领域十大进展之一，足见其在科学史上的意义。现在，基因芯片这一时代的宠儿已被应用到生物科学众多的领域之中。它以其可同时、快速、准确地分析数以千计基因组信息的本领而显示出了巨大的威力。这些应用主要包括基因表达检测、突变检测、基因组多态性分析和基因文库作图以及杂交测序等方面。在基因表达检测的研究上人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥（ Arabidopsis thaliana ）、酵母 (Saccharomyces cerevisiae)及人的基因组表达情况进行了研究，并且用该技术（共 157,112 个探针分子）一次性检测了酵母几种不同株间数千个基因表达谱的差异 。实践证明基因芯片技术也可用于核酸突变的检测及基因组多态性的分析，例如对人 BRCA Ⅰ基因外显子 11、 CFTR 基因 、β - 地中海贫血 、酵母突变菌株间 、 HIV-1 逆转录酶及蛋白酶基因（与 Sanger 测序结果一致性达到 98% ） 等的突变检测，对人类基因组单核苷酸多态性的鉴定、作图和分型 ，人线粒体 16.6kb 基因组多态性的研究 [24] 等。将生物传感器与芯片技术相结合，通过改变探针阵列区域的电场强度已经证明可以检测到基因（ ras 等）的单碱基突变 。此外，有人还曾通过确定重叠克隆的次序从而对酵母基因组进行作图。杂交测序是基因芯片技术的另一重要应用。该测序技术理论上不失为一种高效可行的测序方法，但需通过大量重叠序列探针与目的分子的杂交方可推导出目的核酸分子的序列，所以需要制作大量的探针。基因芯片技术可以比较容易地合成并固定大量核酸分子，所以它的问世无疑为杂交测序提供了实施的可能性，这已为实践所证实。

　　在实际应用方面，生物芯片技术可广泛应用于疾病诊断和治疗、药物筛选、农作物的优育优选、司法鉴定、食品卫生监督、环境检测、国防、航天等许多领域。它将为人类认识生命的起源、遗传、发育与进化、为人类疾病的诊断、治疗和防治开辟全新的途径，为生物大分子的全新设计和药物开发中先导化合物的快速筛选和药物基因组学研究提供技术支撑平台。

1、药物筛选和新药开发

　　由于所有药物（或兽药）都是直接或间接地通过修饰、改变人类（或相关动物）基因的表达及表达产物的功能而生效，而芯片技术具有高通量、大规模、平行性地分析基因表达或蛋白质状况（蛋白质芯片）的能力，在药物筛选方面具有巨大的优势。用芯片作大规模的筛选研究可以省略大量的动物试验甚至临床，缩短药物筛选所用时间，提高效率，降低风险。

　　随着人类基因图谱的绘就，基因工程药物将进入一个大发展时期，在基因工程药物的研制和生产中，生物芯片也有着较大的市场。以基因工程胰岛素为例，当我们把人的胰岛素基因转移到大肠杆菌细胞后，我们就需要用某种方法对工程菌的基因型进行分析，以便确证胰岛素基因是否转移成功。过去人们采取的方法叫做“限制性片段长度多态性”（简称RELP），这种方法非常地烦琐复杂，在成本和效率方面都不如基因芯片，今后被芯片技术取代是必然的趋势。通过使用基因芯片筛选药物具有的巨大优势决定它将成为本世纪药物研究的趋势。

2、疾病诊断

　　基因芯片作为一种先进的、大规模、高通量检测技术，应用于疾病的诊断，其优点有以下几个方面：一是高度的灵敏性和准确性；二是快速简便；三是可同时检测多种疾病。如应用于产前遗传性疾病检查，抽取少许羊水就可以检测出胎儿是否患有遗传性疾病，同时鉴别的疾病可以达到数十种甚至数百种，这是其他方法所无法替代的，非常有助于“优生优育”这一国策的实施。又如对病原微生物感染诊断，目前的实验室诊断技术所需的时间比较长，检查也不全面，医生往往只能根据临床经验做出诊断，降低了诊断的准确率，如果在检查中应用基因芯片技术，医生在短时间内就能知道病人是哪种病原微生物感染；而且能测定病原体是否产生耐药性、对哪种抗生素产生耐药性、对哪种抗生素敏感等等，这样医生就能有的放矢地制定科学的治疗方案；再如对具有高血压、糖尿病等疾病家族史的高危人群普查、接触毒化物质人群恶性肿瘤普查等等，如采用了基因芯片技术，立即就能得到可靠的结果，其他对心血管疾病、神经系统疾病、内分泌系统疾病、免疫性疾病、代谢性疾病等，如采用了基因芯片技术，其早期诊断率将大大提高，而误诊率会大大降低，同时有利于医生综合地了解各个系统的疾病状况。

3、环境保护

　　在环境保护上，基因芯片也广泛的用途，一方面可以快速检测污染微生物或有机化合物对环境、人体、动植物的污染和危害，同时也能够通过大规模的筛选寻找保护基因，制备防治危害的基因工程药品、或能够治理污染源的基因产品。

4、司法

　　基因芯片还可用于司法，现阶段可以通过DNA指纹对比来鉴定罪犯，未来可以建立全国甚至全世界的DNA指纹库，到那时以直接在犯罪现场对可能是疑犯留下来的头发、唾液、血液、精液等进行分析，并立刻与DNA罪犯指纹库系统存储的DNA“指纹”进行比较，以尽快、准确的破案。目前，科学家正着手于将生物芯片技术应用于亲子鉴定中，应用生物芯片后，鉴定精度将大幅提高。

5、现代农业

　　基因芯片技术可以用来筛选农作物的基因突变，并寻找高产量、抗病虫、抗干旱、抗冷冻的相关基因，也可以用于基因扫描及基因文库作图、商品检验检疫等领域。目前该类市场尚待开发。

6、研究领域

　　包括基因表达检测、寻找新基因、杂交测序、基因突变和多态性分析以及基因文库作图以及等方面。

1、基因表达检测。

　　人类基因组编码大约10万个不同的基因，仅掌握基因序列信息资料，要理解其基因功能是远远不够的，因此，具有监测大量mRNA（信使RNA，可简单理解为基因表达的中介物）的实验工具很重要。有关对芯片技术检测基因表达及其敏感性、特异性进行的研究实验表明芯片技术易于监测非常大量的mRNAs并能敏感地反映基因表达中的微小变化。利用基因芯片技术人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥、酵母及人的基因组表达情况进行了研究，并且用该技术（共157,112个探针分子）一次性检测了酵母几种不同株间数千个基因表达谱的差异。

2、寻找新基因。

有关实验表明在缺乏任何序列信息的条件下，基因芯片也可用于基因发现，如HME基因和黑色素瘤生长刺激因子就是通过基因芯片技术发现的。3、DNA测序。人类基因组计划的实施促进了更高效率的、能够自动化操作的测序方法的发展，芯片技术中杂交测序技术及邻堆杂交技术即是一种新的高效快速测序方法。如使用美国Affymetrix公司1998年生产出的带有13.5万个基因探针的芯片就可以使人类DNA解码速度提高了25倍。4、核酸突变的检测及基因组多态性的分析。有关实验结果已经表明DNA芯片技术可快速、准确地研究大量患者样品中特定基因所有可能的杂合变异。对人类基因组单核苷酸多态性的鉴定、作图和分型，人线粒体16.6kb基因组多态性的研究等。随着遗传病与癌症相关基因发现数量的增加，变异与多态性分析必将越来越重要。

基因芯片技术的研究方向及当前面临的困难

　　尽管基因芯片技术已经取得了长足的发展，得到世人的瞩目，但仍然存在着许多难以解决的问题，例如技术成本昂贵、复杂、检测灵敏度较低、重复性差、分析泛围较狭窄等问题。这些问题主要表现在样品的制备、探针合成与固定、分子的标记、数据的读取与分析等几个方面。

　　样品制备上，当前多数公司在标记和测定前都要对样品进行一定程度的扩增以便提高检测的灵敏度，但仍有不少人在尝试绕过该问题，这包括 Mosaic Technologies 公司的固相 PCR 扩增体系以及 Lynx Therapeutics 公司提出的大量并行固相克隆方法，两种方法各有优缺点，但目前尚未取得实际应用。

　　探针的合成与固定比较复杂，特别是对于制作高密度的探针阵列。使用光导聚合技术每步产率不高（ 95% ），难于保证好的聚合效果。应运而生的其它很多方法，如压电打压、微量喷涂等多项技术，虽然技术难度较低方法也比较灵活，但存在的问题是难以形成高密度的探针阵列，所以只能在较小规模上使用。最近我国学者已成功地将分子印章技术应用于探针的原位合成而且取得了比较满意的结果（个人通讯）。

　　目标分子的标记也是一个重要的限速步骤，如何简化或绕过这一步现在仍然是个问题。

　　目标分子与探针的杂交会出现一些问题：首先，由于杂交位于固相表面，所以有一定程度的空间阻碍作用，有必要设法减小这种不利因素的影响。 Southern 曾通过向探针中引入间隔分子而使杂交效率提高于了 150 倍。其次，探针分子的 GC 含量、长度以及浓度等都会对杂交产生一定的影响，因此需要分别进行分析和研究。

信号的获取与分析上，当前多数方法使用荧光法进行检测和分析，重复性较好，但灵敏仍然不高。正在发展的方法有多种，如质谱法、化学发光法等。基因芯片上成千上万的寡核苷酸探针由于序列本身有一定程度的重叠因而产生了大量的丰余信息。这一方面可以为样品的检测提供大量的验证机会，但同时，要对如此大量的信息进行解读，目前仍是一个艰巨的技术问题。

我国基因芯片的研究现状

目前，我国尚未有较成型的基因芯片问世，但据悉已有几家单位组织人力物力从事该技术的研制工作，并且取得了一些可喜的进展。这是一件好事，标志着我国相关学科与技术正在走向成熟。基因芯片技术是一个巨大的产业方向，我们国家的生命科学、计算机科学乃至精密机械科学的工作者们应该也可以在该领域内占有一席之地。但是我们应该充分地认识到，这不是一件轻易的事，不能够蜂拥而至，不能“有条件没有条件都要上”，去从事低水平重复性的研究工作，最终造成大量人力物力的浪费。而应该是有组织、有计划地集中具有一定研究实力的单位和个人进行攻关，这也许更适合于我国国情。

基因芯片在临床疾病诊断的应用

基因芯片（Gene chip）又称DNA芯片（DNA CHIP）、DNA阵列（DNA arrays）、寡核苷酸微芯片（oligonucleotide micro-chip），是指将许多特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针，有规律地排列固定于支持物上，然后与待测的标记样品的基因按碱基配对原理进行杂交，再通过激光共聚焦荧光检测系统等对芯片进行扫描，并配以计算机系统对每一探针上的荧光信号作出比较和检测，从而迅速得出所要的信息。90年代初，由美国Affymetrix公司的Fodor博士提出并开始基因芯片技术的研究，至今，基因芯片技术在医学各个领域中的应用均已取得巨大突破。1998年底，美国科学促进会将基因芯片列为1998年度自然科学领域十大进展之一。



1   基在芯片制备技术



    基因芯片的实质是高度集成的寡核苷酸阵列，制造基因芯片首先要解决的技术是如何在芯片片基上定位合成高密度的核酸探针。目前，基因芯片的制备技术主要有以下几种：

    1.1  原位合成 是指直接在芯片上用四种核苷酸合成所需探针的基因芯片制备技术，主要包括：

      1.1.1  原位光刻成 是由美国Affymetrix公司发展的结合了半导体工业的光刻技术和DNA合成技术制造高密度核酸阵列的基因芯片制备技术。它利用光保护基团修饰芯片片基表面碱基单体的活性羟基，通过设计特定的光刻掩膜和不断地更换曝光区域，直接在片基上合成所需高密度寡核苷酸阵列，探针数目在合成循环中呈指数增长，例如一个完整的十核苷酸序列通过32个合成步骤，8个小时即可成65536（216）条探针。

     1.1.2  原位喷印合成 芯片原位喷印合成原理与喷墨打印类似，不过芯片喷印头和墨盒有多个，墨盒中装的是四种碱基等液体而不是碳粉；采用的化学原理与传统的DNA固相合成一致，因此不需要特殊制备的化学试剂。

     1.1.3  分子印章多次压印合成 根据所需微阵列，设计有凹凸的微印章，然后根据预先设计在制备的各级印章上涂上对应的单核苷酸；按照设计的顺序将不同的微印章逐个依次压印在同一基片上，得到256×256阵列的高密度基因芯片。其主要优势有：采用了平面微细加工技术，可实现大批量生产；通过提高集成度，降低单个芯片的成本；可组装大量的（104-106种）生物分子探针，获取信息量大，效率高，特别适合于基因信息的采集；结合微机械技术（MEMS），可把生物样品的预处理、基因物质的提取、扩增，以及杂交后的信息检测相集成，制备成缩微芯片。

   1.2  合成点样 是指将合成好的探针、cDNA或基因组DNA通过特定的高速点样机器人直接点在芯片片基上。合成点样技术在基因芯片尚处于实验研究阶段时是唯一的芯片制造手段，曾一度被原位合成技术的光芒所掩盖。随着原位合成技术缺点的暴露和自动化技术的进步，合成点样技术又重现生机。目前，除Affymetrix等研究和生产基因芯片的少数大人司使用原位合成外，其他中小型公司和实验室研究中仍然普遍采用合成点样法。

     1.2.1  微型机械点样法 该技术是由Shalon 和Brown于1995年发展起来的一类芯片制备技术，而后由美国Synteni公司发展出商品仪器。该方法通过毛细作用使用点样针将生化物质转移到固体基底表面（点样针与基底表面接触），每一轮结束后，清洗点样针进行下一轮操作，而且机器人控制系统可使其实现自动化生产。

     1.2.2  化学喷射法 此方法先进之处在于采用了坟电和其也推动方式从微型喷嘴向固体表面转移生化成分（cDNA、DNA、抗体、小分子等）。该技术由Incyte Pharmaceuticals和Protogene公司等发展。该方法通过应用与压电接口相连的微型喷嘴将生化物质喷向基底，通过电流控制使样品体积得到精确控制。

    1980年Bains等将预先合成的短DNA片段固定在固相支持物上进行的杂交测序基因芯片的最原始模型，所以合成点样是基在芯片制作的最原始的方法。由Affymetrix公司发展起来的光导ODTA合成照相平板印刷术将基因芯片引入了工业化生产的阶段。将样品处理、芯片杂交和信号检测集于一体的“缩微实验室”逐渐成为基在芯片发展的新趋势，此方面主要有以下技术较为成功：电子芯片、三维芯片、流过式芯片、石英谐振芯片。



2   基因芯片在临床疾病诊断中的应用



   2.1  核酸序列分析 核酸序列分析是基因芯片发展和应用的基础。基因芯片技术可在一次反应中对一个样品进行大量杂交反应，并可对这些杂交信号进行平行分析，因而被广泛应用于DNA序列分析，特别是杂交测序（sequencing by hybridization,SBH）和邻堆杂交技术（contiguous stacking hybridization， CSH）。

     2.1.1  杂交测序技术 采用SBH技术，用含65536个8聚寡核苷酸的微阵列，可测定200bp长DNA序列，采用67108864个13聚寡核苷酸探针的微阵列，可对数千个碱基长的DNA测序。Chen等用含135000个寡核苷酸探针的阵列测定了全长为16.6kb的人线粒体基因组序列，准确率达99%。Hacia等用含有48000个寡核苷酸 的高密度微阵列分析了黑猩猩和人BRCA1基因序列差异，结果发现在外显子11约3.4kb长度范围内的核酸序列同源性在98.2%到83.5%之间，提示了二者在进化上的高度相似性。

     2.1.2  邻堆杂交技术 SBH技术的效率随着微阵列中寡核苷酸数量与长度的增加而提高，但微阵列中寡核苷酸数量与长度的增加则提高了微阵的复杂性，降低了杂交准确性。CSH技术弥补了SBH技术存在的弊端，CSH技术的应用增加了微阵列中寡核苷酸的有效长度，加强了序列准确性，可进行校长的DNA测序。

     2.1.3  毛细管电泳芯片测序技术 Mathies等成功地应用通过光刻加工出的毛细管电泳测定芯片在10min内完成了含433碱基对的DNA序列测定。美国的CuraGen公司和普林斯顿大学也正在从事这类芯片的研究开发工作。

   2.2  基因表达分析 随着人类基因组计划的顺利进行，基因组研究的重心转到了功能基因组学，基因表达芯片为此提供了最好的技术平台，用基因芯片进行的表达水平检测可自动、快速地成千上万个基因的表达情况。对大多数基因而言，mRNA表达水平与其蛋白质的表达水平相对应，基因芯片技术可直接测到mRNAr 的种类及丰度，可快速地以1：300000水平出现的mRNA。表达谱基因芯片研究基因表达与传统的NorthernBlot相比有许多优点：系统微型化，样品需量极小；同时研究上万个基因的表达，研究效率明显提高；能更多地揭示基因之间表达变化的相互关系，从而研究基因与基因之间内在的作用关系；检测基因表达变化的灵敏度高，可检测丰度相差几个数量级的表达情况；节约费用和时间。

   2.3  寻找新基因 定量检测大量基因表达水平在阐述基因功能、探索疾病原因及机理、发现可能的诊断及治疗等方面是很有价值的。基因芯片技术在发现新基因及分析各个基因在不同时空表达方面是一项十分有用的技术，它具有样品用量 极少，自动化程度高等优点，便于大量筛选新基因。目前，大量人类ESTs给cDNA微阵列提供了丰富的资源，数据库中400000个ESTs代表了所有人类基因，成千上万的ESTs微阵列将为人类基因表达研究提供强有力的分析工具。这将大大地加速人类基因组的功能分析。

   2.4  突变体和多态性检测 检测基因突变对于阐明肿瘤与遗传病的分子机制、疾病的早期诊断具有重要意义。以往研究突变和多态性时多采用PCR-SSCP、手工或自动测序、异源双链分析、蛋白截短检测等方法，所有这些都需经过电泳环节，不能满足大规模、低消耗和自动化的要求。应用基因芯片方法检测时可克服上述不足，且与DNA聚合酶或连接酶结合检测时可获得更高的分辨率。Hacia等用含96000个寡核苷酸探针的基因芯片来检测遗传性乳腺癌基因儿卵巢癌基因BRCA1第11外显子3.45kb长度内的所有可能的发合性突变，包括碱基替换及小的插入、缺失乖，并借此确定发病风险，检测准确率高达99%。基因芯片也可用于肺癌、卵巢癌、前列腺癌、结肠癌等多种肿瘤的研究中，为肿瘤基因组解析计划（CGAP）的完成提供重要的技术支持。Lipshutz等证明基因芯片可用来筛选HIV病毒的蛋白酶基因和反转录酶基因的突变。这些突变能引起对抗生素，如AZT等的抗性。Affymetrix公司已制造出商用HIV芯片，包括1040个蛋白酶和反转录酶基因，用来研究病毒抗性发展过程中的碱基突变。Chee等制造了含有135000个25-mer探针的基因芯片来探测16.6kb的人线粒体基因组，共分析了10个样本，检出505个多态。每个样本可在12min内阅读完毕，正确率达99%。在多态性分析方面，基因芯片技术用于基因组研究可创造第三代遗传图，即将遗传病表型与DNA上特定的基因序列联系起来，以单核苷酸多态性（Single Nucleotidee Polymorphisms,SNPs）为标记可帮助区分两个个体遗传物质的差异，若能将所有SNPs全部信息装入生物芯片则可检测到与之相关的基因间差异。

    2.5  后基因组研究 基因组测序完成后，未知基因的功能研究是一个十分诱人的后基因组研究课题。斯坦福大学的Davis研究小组的研究提示DNA芯片技术将来可能应用于人类基因组测序完成后阐明开放读码框架ORF生物学功能的研究，可能会对深刻认识生命现象及药物设计带来重大影响。Davis研究小组利用DNA芯片技术对酵母缺失突变株进行定量分析以确定酵母全序列测定完成后新发现的ORF的生物学功能。他们应用基因打靶技术产生多个ORF缺失的酵母突变株，并在缺失ORF旁引入20个核苷酸的标志序列作为缺失ORF的身份标志，谓之“分子条形码”（molecular barcodes）,分子条形码可与基因芯片上的探针进行杂交以便于筛选。这样ORF的功能测试可通过一次杂交及用同一生长选择条件完成，大大提高了效率和准确性。

   2.6  疾病的诊断 从正常人的基因组中分离出DNA与DNA芯片杂交就可以得出标准图谱。从病人的基因组中分离出DNA与DNA芯片杂交就可以得出病变图谱。这种基因芯片诊断技术以其快速、高效、敏感、经济、平行化、自动化等特点，将成为一项现代化诊断新技术。例如,Affymetrix公司和Oncormed公司合作研制的可监测50%以上肿瘤患者p53基因突变的p53基因芯片将在癌症早期诊断中发挥作用。基因芯片在感染性疾病、遗传性疾病、重症传染病和恶性肿瘤等疾病的临床诊断方面具有独特的优势。与传统检测方法相比，它可以在一张芯片同时对多个病人进行多种疾病的检测，勿需机体处于免疫应答反应期，能及早诊断，待测样品用量小；能特异性检测病原微生物的亚型及变异；可帮助医生及患者从“系统、血管、组织和细胞层次（第二阶段医学）”转变到“DNA、RNA、蛋白质及其相互作用层次（第三阶段医学）”上了解疾病的发生、发展过程。这些特点使得医务人员在短时间内，可以掌握大量发展过程。这些特点使得医务人员在短时间内，可以掌握大量的疾病诊断信息，有助于医生在短沓间内找到正确的治疗措施。

     2.6.1  遗传病相关基因的定位 随着人类基因组计划的完成，许多遗传病的相关基因被相继定位，如肥胖病、老年疾呆症、精神病等。基因定位蕴含 着巨大的商业价值。通过制作基因定位型基因芯片，使生物学家可通过遗传病家谱进行研究，从而将某一遗传病和基因和一种或多种多态性联系在一起，从而在染色体上的合适位点定位出遗传病相关基因。近几年，诸如Affymetrix等公司已研制出可检测大量遗传病基因相关点突变及SNP的基因芯片，从而对研代与子代的遗传重组有重要的价值，有望创造更精确的第三代遗传图谱。

     2.6.2  感染性疾病的诊断 HIV-1基因中的rt与pro在疾病过程中易发生多种变异，从而导致对多种药物的抗药性，因此，检测和分析其变异性与多态性具有重要临床意义。可以预测，在不久的将来，人们可望在一张基因芯片上检测几乎所有的病原微生物基因。Heller等等采用基因表达谱芯片研究了类风湿关节炎、肠炎基因的特征性表达活性，发现已知炎症相关基因，如肿瘤坏死因子、白介素和粒细胞集落刺激因子在组织中有表达。通过该研究，确定了许多基因与这两种病变的关系，为探讨基因芯片在诊断感染性疾病方面提供了新的民路。现在，肝炎病毒检测诊断芯片、结核杆菌耐药性检测 芯片、多种恶性肿瘤相关病毒基因芯片等一系列诊断芯片逐步开始进入市场。基因诊断是基因芯片中最具有商业价值的应用。

   2．7  基因文库图谱绘制 通过确定重复基因的程度，基因芯片已用来以基在组文库进行图谱绘制。基因文库中的每个克隆的所用化学反应均一个反应管，可以快速平行地对多克隆进行图谱绘制，每人每天可对几百个克隆进行基因图谱绘制。

其它应用  基因芯片还广泛地应用于药物筛选、药物作用机制研究、毒理学研究、基因扫描、环境化学毒物的筛选、耐药菌株和药敏检测等多个应用领域。人们相信，在新的世纪中，基因芯片将会在人类疾病的基因诊断中发挥巨大的作用，为整个世界带来巨大的社会效益和经济利益。

基因芯片实验操作流程图

基因芯片实验操作流程包括样本DNA或RNA制备、标记、杂交及洗涤等步骤

1．样本DNA或RNA制备

    芯片实验中核酸的抽提没有特殊之处，参照常规的分子生物学实验手册就可以。但对于RNA样本，由于RNA的稳定性很差，在活体内的半衰期也很短，因此取材一定要新鲜，取材后迅速保存在液氮中，在整个处理过程中要非常小心，以免降解，影响实验成功率或结果的可靠性。

2．核酸标记方式

    分子生物学常用的标记方法有同位素标记和非同位素标记方法，常用的同位素有33P、32P、125I及3H等化学发光标记和荧光标记，非同位素标记方法又分为化学发光法和荧光法。常用的化学发光物质有碱性磷酸酶和辣根过氧化物酶，它们能催化相应的底物产生有颜色的沉淀物；生物素和地高辛是最常用的非同位素标记物。很多荧光染料、碱性磷酸酶和辣根过氧化物酶可直接同抗地高辛抗体及亲和素偶联。而目前常用的荧光染料种类有德克萨斯红(Texasred)、荧光系、罗丹明、Cy3、Cy5等。生物芯片中的标记方法普遍采用荧光方法，很少采用化学发光法和同位素标记方法。

核酸样本通常采用酶反应法进行标记，蛋白质样本采用化学方法或抗体—抗原间接标记的方式。核酸中常用的酶反应方法有：反转录法、随机引物法、切口平移(nicktranslation)、PCR、体外转录等。在酶反应过程中掺人带荧光的dNTP，从而标记新合成的核酸分子。如果酶反应中需要引物，如PCR、随机引物法和反转录法，也可以将荧光基团通过化学反应加到引物的末端。

3．样品标记方法   

    样本标记方法很多，这里仅举几种常用的方法。

   (1)RNA标记方法：对于表达谱基因芯片和RNA不同剪切体的研究，是针对RNA样本进行标记。最常见的标记方式是用Cy3或Cy5荧光，通过反转录标记法，选择不同激发波长的荧光标记不同的样本。如Cy3或Cy5标记的dNTP，通过酶反应掺人到待测样品中，便可以在一张片子上同时检测两份标本的信息，做到平行性比较，数据更可靠。另外，由于反转录法所需RNA样本量大，一般需要20fig的总RNA。对于微量的组织样本很难制备足够的RNA，这时可以采用RNA线性扩增方法，最普遍采用的RNA扩增方法是RNA体外线性扩增方法。

    (2)DNA样本的标记方法：当对样本进行CGH分析、SNP、分子分型或甲基化研究时，主要选用DNA作为样本。对于CGH，可以进行全基因组标记，通常采用随机引物标记方法。这种方法需要的DNA量大，一般在2pg以上的基因组DNA。虽然有人发明了全基因组DNA的线性扩增技术以减少对样本量的需求，但效果上都不很理想，很难真正做到全基因组及完全的线性扩增。对于SNP研究，可以采用类似CGH的标记方式进行全基因组标记。由于SNP检测的是DNA的“质”，而不像表达谱或CGH质检测核酸的“量”，因此不必要考虑标记时DNA的线性关系，可以采用其他的全基因组的扩增方法。但由于杂交条件的限制，一般难以做到真正意义上的高通量。因此，一般只是选择少数目的基因的少数SNP位点进行研究，可以采用多重PCR标记方法标记目的片段代替全基因组标记。甲基化研究有两种方案，一种采用SNP的检测原理，另一种类似CGH的方法。

Affymetrix基因芯片前景

Affymetrix基因芯片技术是用于基因组学和转录组学研究的整合平台，该技术平台既可以分析基因组DNA，也可以分析RNA，在DNA水平上既可以做SNP分析，也可以做DNA再测序。

Affymetrix基因芯片技术是基因芯片领域的国际行业标准,已经为国际生命科学和医学、植物及微生物等基础研究领域广泛认可,利用Affymetrix基因芯片技术作为主要研究手段之一在国际科学杂志发表的论文达7336篇(今年1-9月已经有2103篇),仅在Nature, Science,新英格兰医学杂志和Cell影响因子非常高的杂志发表的论文就数百篇. Affymetrix基因芯片技术也正在走向实际应用.2004年, Affymetrix的仪器和芯片制造设备通过ISO认证,其GeneChip(R) System 3000Dx (GCS 3000Dx)通过美国FDA和欧盟CE认证,成为第一个可以分析体外诊断芯片的基因芯片系统,成为核酸诊断(基因型分析和基因表达分析)的标准平台. Affymetrix基因芯片系统截止06年03月底在全世界的装机量超过1420套(其中超过80套GCS 3000Dx售给Affymetrix的诊断开发合作伙伴及检验科),在整个基因芯片领域是首屈一指和独占鳌头的.国际上著名的大学,研究机构和跨国制药公司几乎全部具有Affymetrix基因芯片技术平台.就在发明基因芯片点样技术的斯坦福大学就有10套系统。

目前可以提供生命科学研究和医学研究的模式生物的全基因组表达谱芯片,包括牛、线虫、狗、鸡、果蝇、大肠杆菌、人、小鼠、绿脓杆菌、按蚊/疟原虫、猪、恒河猴、大鼠、金黄色葡萄球菌、爪蟾、酵母和斑马鱼等。其中鸡表达谱芯片不仅可以检测鸡的mRNA表达,同时可以检测禽类17种病毒的684个基因的表达。而恒河猴表达谱芯片可以检测恒河猴和灵长类病毒的基因表达。利用表达谱芯片，通过对已经鉴定的基因及其剪接体表达水平的检测，已经发表了诸多论文,并且还有用表达普芯片找到疾病易感基因的报道(Science. 308 (5720):385-9, 2005 Apr 15. Epub 2005 Mar 10)。该论文利用100K SNP芯片技术扫描96个病人和50个正常人，直接找到了黄斑变性的易感基因为CFH。而03-04年有5篇国际论文在寻找该疾病的易感基因，由于这5篇论文都用STR技术，因此没有找到易感基因，只证明1号染色体的某个区域与该疾病有关。SNP芯片找到的黄斑变性易感基因CFH就在该染色体区域内！

顶级医学杂志"新英格兰医学杂志"今年六月这期又发表了利用AFFYMETRIX表达谱技术的两篇论文:利用基因表达谱芯片技术改进了伯杰氏淋巴瘤(Burkitt's lymphoma)诊断的精确度!!!被病理专家分类为Burkitt's lymphoma的病人的基因表达特点完全可以把Burkitt's lymphoma及弥散性大B细胞淋巴瘤(diffuse large-B-cell lymphoma)区分开!两个研究分别做了220和303例病人的基因表达

Affymetrix基因芯片技术被广泛应用于人类和动物生命科学的基础研究中,如鉴定发育、生长、分裂、分化、细胞凋亡、信号转导等重要生命过程的相关基因,鉴定疾病相关基因,如大量的研究在利用基因芯片技术鉴定癌症发生发展和转移的基因,对癌症进行分子分类/分期，寻找癌症分子机制的关键分子,为癌症诊断筛选重要标志分子,为癌症治疗筛选重要的靶分子,预后分析等.

Affymetrix的SNP芯片可以用于在全基因组水平上寻找人类疾病或其他性状的相关基因,即用于医学遗传学的连锁分析(linkage, 10/50K)和关联分析(association, 100/250/500K/1000K).由于SNP是比STR密度很高的分子标记,因此与STR技术做连锁分析(linkage)来寻找疾病/性状相关基因相比较,100/250/500K/1000K SNP芯片技术做关联分析(association)可以精确地将特定基因与疾病/性状直接关联起来,而STR全基因组扫描连锁分析只能先找到与疾病/性状相关的染色体区域(长达5-10Mbp或更长、含数十到数百个基因),进一步还得利用该区域更密的分子标记(如加密STR或SNPs)分析技术来找到疾病/性状的基因.

SNP芯片推出四年来,已经发表了很多研究文献(,这些文献涉及疾病/性状相关基因寻找(即linkage analysis和GENOME WIDE ASSOCIATION), 群体遗传学(population genetics),染色体拷贝数变化分析( chromosomal copy number changes during cancer progression, 即染色体缺失,扩增和LOH).

目前,在全球范围内已经有数百个大学,研究机构和制药公司在利用SNP芯片技术进行相关研究.Affymetrix可以提供3种规格人的SNP芯片,分别是:10K,50/100K和250/500K/1000K,一次性分析人的1万个、10万个、50万、100万个SNP位点，并告知的是该位点的序列信息。短短的两三年时间里仅疾病易感基因定位的报道就有几十篇，还有许多其它研究的报道

Super基因芯片实验操作步骤

Super基因芯片实验操作步骤:

RNA 抽提

RNA质量检测

探针合成

芯片杂交

化学发光检测

图象采集和数据分析

RNA 抽提

TRIZOL 试剂(Invitrogen life technologies)

氯仿

异丙醇

75% 乙醇 (以DEPC处理的水配制)

无RNA酶的水

无RNA酶的糖原(Invitrogen life technologies)

1. 匀浆

a. 组织匀浆

每50-100mg组织样品,加入1ml的TRIZOL试剂,用电动匀浆器进行匀浆. 所加样品体积不能超过匀浆此样品所使用的TRIZOL试剂体积的10%.

b. 单层贴壁细胞匀浆

直接在3.5cm直径的培养盘中加入1ml TRIZOL试剂裂解细胞,裂解时用枪吸打几次.加入TRIZOL试剂的量取决于培养盘的面积(每10 cm2加1 ml)而不是培养细胞的数量.

c. 悬浮细胞的匀浆

离心沉淀细胞.加入TRIZOL试剂反复吹打使细胞裂解.每5-10 × 106 的动物植物或酵母细胞或者每1 × 107 的细菌使用1mlTRIZOL试剂,避免在加入TRIZOL试剂进行裂解前清洗细胞,因为清洗会很可能导致mRNA的降解.对于某些酵母和细菌的细胞,需要使用匀浆器来破碎细胞.

2. 两相分离

匀浆后样品于15到30°C孵育5分钟,以便核酸蛋白复合体完全解离.每1 ml的TRIZOL试剂匀浆的样品中加入0.2ml的氯仿,盖紧管盖.手动剧烈振荡管体15秒后,15到30°C孵育2到3分钟.4°C 下12,000 × g离心15分钟.离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相,中间层核上层的无色的水相.RNA全部被分配于水相中.水相的体积大约使匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%.

3. RNA沉淀

将水相转移到新离心管中.水相与异丙醇混合以沉淀其中的RNA,加入异丙醇的量为每个样品匀浆时加入1ml TRIZOL试剂的此时加0.5ml的异丙醇.混匀后15到30°C孵育10分钟后,于4°C 12,000 × g 离心10分钟.此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块.

4. RNA清洗

移去上清液,每1mlTRIZOL试剂匀浆的样品中加入至少1ml的75%乙醇,清洗RNA沉淀.振荡后,4°C7,500 × g离心5分钟.

5. 重新溶解RNA沉淀

去除乙醇溶液,空气中干燥RNA沉淀5-10分钟,切勿真空离心干燥.注意RNA沉淀不要完全干燥,否则将大大降低RNA的可溶性.部分溶解的RNA样品A260/280比值将小于1.6.溶解RNA时,先加入无RNA酶的水用枪反复吹打几次,然后55到60°C孵育10分钟.获得的RNA溶液保存于-70°C.

小量RNA的抽提:

从少量的组织(1到10mg)或者细胞(102到104)样品中抽提RNA:加入800 l的TRIZOL试剂至样品中,样品裂解后,按步骤2加氯仿进行两相分离.在加异丙醇沉淀RNA前,加5-10 ug的无RNA酶的糖原作为水相载体.为降低溶液粘度,在加氯仿前先将样品两次过26号针头以剪切基因组DNA.两相分离后糖原留在水相中并和RNA共沉淀.只要糖原浓度不高于4 mg/ml,不会影响cDNA的合成,同样也不会对PCR过程产生影响.

RNA质量检测

TE: 10 mM Tris-HCl pH 8, 1 mM EDTA

0.4M MOPS, pH 7.0

0.1M 乙酸钠

0.01M EDTA

甲醛

甲醛上样染液(ambion,)

溴化乙锭(Ethidium Bromide,EB)

琼脂糖

1. 紫外吸收测定法

取少量液体用TE稀释(一般1:100稀释)后,读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值,可以测定RNA溶液浓度和纯度.用来稀释的TE不需要经过无RNA酶处理,因为RNA的微量降解不会明显影响分光光度计的读值.测量前需先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零.

a. 浓度测定

A260下读值为1表示40 g RNA/ml.样品RNA浓度( g/ml)计算公式为:A260 X稀释倍数X 40 g/ml.具体计算如下:

RNA溶于40 l DEPC水中,取5ul,1:100稀释至495 l的TE中,测得A260 = 0.21

RNA 浓度= 0.21 X 100 X 40 g/ml = 840 g/ml or 0.84 g/ l

取5ul用来测量以后,剩余样品RNA为35 l,剩余RNA总量为:35 l X 0.84 g/ l = 29.4 g

b. 纯度检测

RNA溶液的A260/A280的比值是一种RNA纯度检测方法,比值范围1.8到2.1.即使比值超出这个范围,RNA样品也一样可以用于一些普通实验中如Northern杂交,RT-PCR和RNA酶保护实验.

样品

OD260

OD280

OD260/OD280

RNA 浓度(ug/ul)

A

1.076

0.542

1.99

8.61

B

1.050

0.583

1.80

8.40

2. 变性琼脂糖凝胶电泳

a. 制胶

1 g琼脂糖溶于72 ml水中,冷却至60°C,10 ml的10X MOPS电泳缓冲液和18 ml的37% 甲醛溶液(12.3 M).

10X MOPS电泳缓冲液:

浓度 成分

0.4M MOPS, pH 7.0

0.1M 乙酸钠

0.01M EDTA

灌制凝胶板,预留加样孔至少可以加入25 l溶液.胶凝后取下梳子,将凝胶板放入电泳槽内,加足量的1X MOPS电泳缓冲液至覆盖胶面几个毫米.

b. 准备RNA样品

取3 g RNA,加3倍体积的甲醛上样染液,加EB于甲醛上样染液中至终浓度为10 g/ml.加热至70°C孵育15分钟使样品变性.

c. 电泳

上样于胶孔中,5–6 V/cm电压下电泳至溴酚兰指示剂进胶至少2–3 cm.

d. 紫外透射光下观察并拍照

28S和18S核糖体RNA的带非常亮而浓(其大小决定于用于抽提RNA的物种类型),上面一条带的密度大约是下面一条带的2倍.还有可能观察到一个更小稍微扩散的带,它由低分子量的RNA(tRNA和5S核糖体RNA)组成.在18S和28S核糖体带之间一般可以看到一片弥散的EB染色物质,可能是由mRNA和其它异型RNA组成.RNA制备过程中如果出现DNA污染,将会在28S核糖体RNA带的上面出现,即更高分子量的弥散迁移物质或者带.RNA的降解表现为核糖体RNA带的弥散.

探针合成

方法一:用于化学发光检测的RT标记法

无RNA酶的H2O

10×RT缓冲液(Super Bioscience, Catalog Number L-04)

RNA酶抑制剂,RNase Inhibitor (Promega, Cat No. N2511)

MMLV逆转录酶,MMLV Reverse Transcriptase (Promega Cat. No. M1701)

缓冲液A(Super Bioscience, Catalog Number L-04)

生物素标记dUTP ,Biotin-16-dUTP (Roche Cat. No.1-093-070)

DTT

dNTP混合液 (dATP,dCTP,dGTP和0.5 mM dTTP各5mM)

a. 配制缓冲液BN

取50μL的10X RT缓冲液,1μL的1 M DTT和50 μL的dNTP混合液,混匀,保存于–20 °C.

b. 配制退火混合液:

每个总RNA样品如下配制于一个灭菌PCR管中:

总RNA 5.0 μg

缓冲液A 3 μl

无RNA酶的H2O 加至总体积为10 μl

上述溶液用枪轻轻吸打混合均匀,离心至管低.混合液放于70 °C水浴锅中孵育3分钟,立刻放在42 °C水浴中孵育2分钟.

c. 配制RT混合液:

当退火混合液70 °C孵育时即可配制RT混合液.

RT 混合液

1 张芯片

2 张芯片

4 张芯片

缓冲液BN

4 μl

8 μl

16 μl

Biotin-16-dUTP

2 μl

4 μl

8 μl

无RNA酶的H2O

2 μl

4 μl

8 μl

RNase Inhibitor

1 μl

2 μl

4 μl

MMLV Reverse Transcriptase

1 μl

2 μl

4 μl

总体积

10 μl

20 μl

40 μl

RT混合液42 °C孵育1分钟,然后进行下一步骤.

d. RT反应:

每张芯片探针制备:加10 μl预热的RT混合液到10μl退火混合液中,用枪轻轻吸打混匀,继续在42 °C孵育90分钟.

e. 探针变性:

反应得到的cDNA探针于94 °C加热5分钟,然后迅速放入冰中.此cDNA探针即可用于杂交.

方法二:用于化学发检测的AMPOLABELING-LPR标记法

RT 引物(P) (Super Bioscience, Catalog Number L-03)

无RNA酶的H2O (Super Bioscience, Catalog Number L-03)

10×RT缓冲液(Super Bioscience, Catalog Number L-04)

缓冲液AF (Super Bioscience, Catalog Number L-03)

LPR缓冲液(L) (Super Bioscience, Catalog Number L-03)

DNA聚合酶(LE) (Super Bioscience, Catalog Number L-03)

RNA酶抑制剂,RNase Inhibitor (Promega, Cat No. N2511)

MMLV逆转录酶,MMLV Reverse Transcriptase (Promega Cat. No. M1701)

生物素标记dUTP ,Biotin-16-dUTP (Roche Cat. No.1-093-070)

DTT

dNTP混合液 (dATP,dCTP,dGTP和0.5 mM dTTP各5mM)

a. 配制缓冲液BN

取50μL的10X RT缓冲液,1μL的1 M DTT和50 μL的dNTP混合液,混匀,保存于–20 °C.

b. 配制退火混合液:

每个总RNA样品如下比例配制于一个灭菌PCR管中:

总RNA 5.0 μg

RT引物(P) 1 μl

无RNA酶的H2O 加至总体积为10 μl.

用枪轻轻吸打混匀,离心于管底部.70 °C孵育3分钟,冷却至37 °C孵育10分钟.

c. 配制RT混合液:

当退火混合液37 °C孵育时即可配制RT混合液

RT混合液

1 张芯片

2 张芯片

4 张芯片

缓冲液BN

4 μl

8 μl

16 μl

无RNA酶的H2O

4 μl

8 μl

16 μl

RNase Inhibitor

1 μl

2 μl

4 μl

MMLV Reverse Transcriptase

1 μl

2 μl

4 μl

总体积

10 μl

20 μl

40 μl

RT混合液37 °C孵育1分钟,进行下一步骤.

d. RT 反应:

每张芯片实验探针制备,需要加10μlRT混合液到10 μl退火混合液中,枪轻轻吸打混匀,继续在37 °C孵育25分钟,加热至85°C孵育5分钟水解RNA并使逆转录酶失活.然后将反应后的溶液放在冰中至下一步开始.

e. 配制LPR混合液:

每个芯片实验需要按下表比例配制于一灭菌PCR管中.

LPR混合液

1张芯片

2张芯片

4张芯片

缓冲液L

18 μl

36 μl

72 μl

缓冲液AF

9 μl

18 μl

36 μl

Biotin-16-dUTP

2 μl

4 μl

8 μl

DNA聚合酶(LE)

1 μl

2 μl

4 μl

总体积

30 μl

60 μl

120 μl

f. 线性聚合酶反应(Linear Polymerase Reaction,LPR):

每张芯片的探针制备,加30 μl的LPR混合液到每个RT反应液中并轻轻吸打混匀,LPR反应的循环如下:85 °C,5分钟;然后进行30个循环(85 °C,1分钟,50 °C,1分钟,72 °C,1分钟);最后72 °C,5分钟结束反应.

g. 探针变性:

LPR反应液94 °C孵育2分钟以变性cDNA探针,然后迅速放入冰中冷却.此cDNA探针即可用于杂交.

芯 片 杂 交

GEAhyb杂交液(Super Bioscience)

Sheared Salmon Sperm DNA (Invitrogen/Life Technologies, Catalog Number 15632-011 )

20X SSC: (900 ml H2O中溶解175.3 g的NaCl和88.2 g的二水柠檬酸钠,用1M的HCl调节pH到7.0,加水至1 L )

20% SDS: (1 L H2O中溶解200 g十二烷基磺酸钠)

1. 预杂交:

a. 在杂交管中加入5mL的灭菌水将芯片膜彻底润湿,在下一步中配制GEAprehyb时杂交管保持倒放.温浴GEAhyb杂交液至60 °C试剂瓶上下颠倒几次使组分完全溶解.加热sheared salmon sperm DNA 至100 °C,5分钟后立刻放至冰中冷却.

b. 配制GEAprehyb:在预热的GEAhyb杂交液中加入热变性的salmon sperm DNA至终浓度为100 μg/ml.每张芯片准备3 ml的GEAprehyb.将GEAprehyb溶液放于60 °C待用.

c. 弃去杂交管中的水,2 ml的GEAprehyb溶液,轻轻转动几秒.确定管盖已旋紧,放杂交管在杂交仪中.60 °C下转速6 rpm预杂交1.5小时.

2. 杂交:

配制GEAhyb混合液:变性的cDNA探针全部加入0.75 ml预热的GEAprehyb中,混匀,放在at 60 °C待用.

弃去杂交管中的GEAprehyb溶液,加入含探针的GEAhyb混合液至杂交管中,60 °C下6 rpm杂交过夜.

3. 洗膜:

a. 如下配制:

洗液1: 2X SSC, 1 % SDS (每升含100 ml 20X SSC和50 ml 20 % SDS)

洗液2: 0.1X SSC, 0.5 % SDS (每升含5 ml 20X SSC和25 ml 20% SDS)

每杂交管各配制10 ml,60 °C温浴.

b. 将杂交管中的GEAhyb混合液倒进一个新管中保存,用洗液1洗膜两次,每次加5ml洗液1,60 °C 30到40 rpm旋转15分钟.

c. 用洗液2洗膜两次,每次加5ml洗液2,60 °C 30到40 rpm旋转15分钟.

化学发光检测

化学发光检测试剂盒Chemiluminescent Detection Kit (Super Bioscience, Catalog Number D-01)

GEA封闭液Q

5X 缓冲液F

AP

缓冲液G

CDP-Star 化学发光底物

1. 膜封闭:

最后一次洗膜后,弃去洗液,立刻加入1.5 ml GEAb封闭液Q,在杂交仪中30到40 rpm孵育40分钟.

2. 加入链亲和素偶联的碱性磷酸酶(AP):

配制1X缓冲液F:用水将5X 缓冲液F稀释5倍.(每杂交管准备18ml的1X缓冲液F).

配制结合混合液:AP:1X 缓冲液F(1:7,500) 混合.(每杂交管配制2 ml结合缓冲液).

弃去杂交管中的GEA封闭液Q,加入2 ml结合缓冲液,在杂交仪中轻轻摇动孵育10分钟.

3. 洗膜:

洗膜4次:加入4ml的1×缓冲液F温和振荡5分钟,弃去1×缓冲液F.

加入3ml缓冲液G温和震荡分钟;倒掉,再用3ml缓冲液G重复洗一次.

4. 检测:

加入1.0 ml CDP-Star化学发光底物至杂交管中,室温孵育2分钟.

取出膜,放在一张滤纸上以去除多余的CDP-Star溶液,然后用干净的塑料膜两面包住,驱除气泡,用X-射线胶片曝光.

图象采集和数据分析

1. 图象和数据采集:

X-射线胶片曝光后,将胶片上的图象用扫描仪扫描并转换为灰度TIFF格式的图片文件保存.运行ScanAlyze软件,将灰度TIFF格式图片的点阵转化为数字型数据,将此原始数据储存为Microsoft Excel文件.

2. 数据分析

使用芯片配套软件GE Analyzer对原始数据进行去背景计算以及比较运算.每张芯片都点有负对照(PUC18DNA和空白)已经管家基因,包括β-actin, GAPDH, Cyclophilin A和核糖体蛋白L13a.原始数据将首先被减掉背景最小值,继而用管家基因来进行校正,校正后的数据用来进行样品间基因转录的相对丰度分析.

本文来源：https://www.2haoxitong.net/k/doc/1536a4868762caaedd33d4bb.html