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生物信息学软件(X10001…………………………………………………………………1生物信息挖掘技术(X10002………………………………………………………………3功能基因组学(X10003……………………………………………………………………5统计遗传学研究进展(X10004………………………………………………………7生物芯片表达谱分析技术(X10005………………………………………………………9医用多因素分析(X10006………………………………………………………………11医学结构生物信息学（X10007）…………………………………………………………13SCI论文与学位论文写作（学院自开课程）………………………………………………16
生物信息学软件Bioinformaticssoftware
课程编号：X10001总学时数：20学时主讲教师：肖云教材名称：生物信息学出版社：人民卫生出版社出版时间：2010年
主编：李霞
开课教研室：生物信息教研室学分：1学分开课学期：第1学期
课程简介：生物信息学软件主要是为研究生开设的基础课。课程内容为生物信息相关专业课程（，课程内容的体系结构涉及功能注释、表达分析以及网络分析等，主要为培养我院各专业研究生灵活运用软件解决问题的能力，使学生通过本课程的学习，能够熟练掌握一些主要的生物信息学软件。
教学目的：该门课程学习的目的，是使学生熟练掌握一些应用广泛的生物信息学软件，并能运用所学软件分析和解决生物信息科研中的实际问题。本课程从多个层面覆盖生物信息各方面常用的软件，如生物学功能注释、系统生物学分析等。本课程重点讲授Cytoscape及其插件的应用。
教学重点及要求掌握的内容：一、注释软件Biomart（2学时）
1.简介bioMart是一个集成了生物学数据的大型集成数据库，包括Ensemble,Uniprot,
NCBI,EBI,TAIR等常用的数据库
2.主要功能它可以轻松地完成的在多个生物学数据库上繁琐地检索，获取相关数据在不
同数据库间的关联。
3.实例分析查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间
的基因s
二、功能分析软件David（2学时）
1.主要功能主要用于基因的功能富集分析，包括GO富集分析以及KEGG通路富集分析.2.实例分析给定某一基因集合，分析其显著参与的生物学过程
1
三、网络可视化与分析软件Cytoscape及其插件（16学时）
1.简介Cytoscape是一个开源的生物信息软件平台，它可以对分子互作网络及生物学通路
进行可视化分析，并且可以根据需要将网络相关的注释信息、基因表达谱和其他类型的数据整合到网络中。2.主要功能
a可视化蛋白质互作、转录调控网络b对网络进行基础分析，如度，聚类系数等c对网络进行模块划分
3.实例分析从任意一互作数据库中下载互作数据，并从GEO上下载一套 