主线剧情：
“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字,住在真新镇（マサラ）。随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧。博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。
辞别了博士，可以离镇了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。
来至洞内，一方面战斗，一方面前进，虽有点累但收获不小。途中所得各宝物中有一个名为月之石的道具，能使某些精灵立即进化。在打败这里的考古学家后，他会让你从他身后两块古代物种化石（左面是镰刀盔，右面是菊石兽）中选一块。出了山洞，便是华蓝市（ハナダ）。不出所料，第二位首领小霞在此，上门去好好请教一番吧，打败后得到蓝色徽章（道馆地图如图）。市里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的，自行车得到的方法下文有述。沿着华蓝市一路北上，遇到了久违的小茂，不免又要“大动干戈”一番。这一路上还有许多训练师，打败他们后可以得到不少的经验值。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成成怪物模样的正辉（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后（在电脑上按一下A），正辉成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给你一张船票（很重要的道具），离开后回到华蓝市（ハナダ），发现右面屋门口的警卫让开了路，进去一看，屋内是一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而且又打破了墙逃走了。穿过那个墙洞，在屋后发现了一个形迹可疑的人，未谈几句就露出了真面目，于是教训了他，并从他身上“搜”出了28号技能机器。一路往南看到了两间屋子，不过通往黄金市（ャマブキ）的路已
被封锁，只能向下走，途经一饲育屋，里面有人帮你照顾精灵，但是不能繁殖……穿过右面的隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某间屋内可得到对换券（ひきかぇけん），若回到华蓝市，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就省力多了。而村里另一间屋内则会得到钓杆，作用不用多说，使用方法则是现对水域使用道具“钓杆”。村里有一个港口，这下船票可以派上用场了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是精灵训练师，小心应付。如精灵的体力不足，可在入口右边数起第二个房间里恢复体力，另外在厨房的垃圾筒里可以找到三颗果实。在船长室门前的通道内再次碰到小茂，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，很高兴地把他珍藏已久的01号秘传机器（切树）交给我。离开船上岸，船起航了。将此秘传机器给精灵装备上，便拥有了切树的能力。还记得村里有间GYM屋么，现在可以进去了。调查里面的垃圾筒，连续两个不同声音，就能把门的开关打开。这里的首领是用雷电系的精灵，打败他就得到徽章（道馆地图如图）。由于拥有切树能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿过山洞发现有一小屋，若目前精灵图鉴拥有种类已达10种，便可从屋内人处得到05号密传机器（闪光）。再回到华蓝市，往右走，一路经过9号，10号路来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来光吧。使用闪光，果然一片光明，视野也开阔多了，略费周折就可以出洞，到了紫苑镇。村民为悼念亡灵建造了一座ポケモン塔，现在由于无法使阻路的精灵现形，所以建议先不要急着上去。从西面离开紫苑镇，在8号路发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫市（タマムシ）。沿地道到达该市，此处有一间百货公司，可以购得许多重要道具，切记到楼顶去买饮料！三种都买，然后跟顶楼的人讲话，就会给你三不同的种技能机。另外注意一下百货大楼旁边的大厦，这栋大厦有后门，走后门进去到顶层可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分别进化成三种精灵。拿到伊布后，再从前门进去，和里面的一位老奶奶对话，她就会给你一杯茶（非
