用DOCK做分子对接计算的基本步骤 一、 受体文件和配体文件的准备 需要用到Chimera软件(下载网址http://www.cgl.ucsf.edu/chimera)。 1.受体的准备: 用Chimera打开受体文件,没去除配体和水的要先去除配体和水(在Select选单中选择相应结构直接删掉即可)。然后,选择Tools ->Structure Editing ->Dock Prep,对受体分子进行处理,如下图。 如果受体文件参数不全,则不能使用Dock Prep模块,这时需手动选择Structure Editing中的AddH和Add Charge对分子进行处理,并保存为mol2格式文件。 之后,删除受体文件中所有的氢,并将重原子保存为pdb文件。 2.配体的准备: 手动给配体加H,加电子,并将配体保存为mol2文件。 二、 生成负模 1.生成靶蛋白的分子表面: 需要用到dms程序,命令:“dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms”,参数如下: -a #使用所有原子,而非仅仅是氨基酸的原子 -d #改变点的密度 -g #输出到文件 -i #只计算指定原子所构成的表面 -n #计算表面点的垂直面 -w #改变探针半径 -v #详细输出 -o #指定输出文件名称 (必须的) 2. 生成负模 可以使用DOCK中附带的sphgen程序去生成对接需要的球形负模(需要一个INSPH文件,DOCK中的Demo里有吧,复制过来就OK),输入命令sphgen就可以了,得到rec.sph。 3.选择一簇负模进行对接计算 运行命令“showsphere < sphgen_cluster.in”将sph文件转换成pdb文件。其输入文件的参数如下: rec.sph #负模聚类文件 1 #选择处理哪个簇 (<=0 为所有簇) N #以PDB文件的形式来生成表面 selected_cluster.pdb #输出文件的名 这是最一般的方法,选择的是最大的负模簇,也可以指定某处附近的簇,方法略。 三、 生成栅格 1. 在活性位点周围生成一个盒子 输入命令:“showbox < box.in”,box.in文件也可以不写,程序会以问答方式进行。 2. 生成栅格 运行命令:“nohup grid -i grid.in -o grid.out>grid.log&”,运行这一步能够大大节省对接计算时间。我的grid.in文件在这里:UploadFiles/2006-11/1120179826.rar Grid的参数以后再解释,不写在这里了。 四、 刚性对接和柔性对接 刚性对接与柔性对接的不同只在于选择参数的不同,就不分开写了。命令都一样:“nohup dock5 -i dock.in -o dock.out>dock.log&”,写不同的dock.in文件就行了。 我的刚性对接的dock.in文件:UploadFiles/2006-11/1120460197.rar;柔性对接的dock.in文件:UploadFiles/2006-11/1120567533.rar。(仅供参考) |
|
本文来源:https://www.2haoxitong.net/k/doc/d658a36e561252d380eb6eb0.html