益生菌是一种微生物，是对人体有益的细菌。英文名为probiotics，源于希腊语。世界卫生组织WHO定义：益生菌是活的微生物，当补充足够数量时，有助于保护肠道及身体健康。营养学家说：益生菌与蛋白质、脂肪、糖类、维生素、矿物质、水、纤维素同样重要，是人体所必须的第八大营养素。微生物学家说：益生菌有助于延长人类的生命。有医者曾说过：益生菌是最好的药。也有人认为益生菌将开启人类健康的新纪元。总之，益生菌产品近年来在国际市场非常风靡！
在人的体表及体内栖息着数以百万亿的微生物，大部分都是细菌，美国微生物学家Savage教授认为，人体内正常菌群是一个像呼吸、循环、消化、神经、运动、生殖、泌尿、内分泌和皮肤一样的系统，被称为第十大系统——微生态系统。体内细菌主要集中在肠道，至少有500多种数以百万亿的细菌，约有1公斤重。肠道内正常菌群与肠粘膜紧密结合，形成生物屏障，即参与机体代谢，又参与食物的分解、消化吸收，以及肠道毒素的分解代谢等。肠道菌群与肠道形成一个互相依赖、互相制约的关系，即为肠道微生态。
肠道内各种各样的细菌，对人体发挥的作用各不相同。其中有些对人体有益，为有益菌，如双歧杆菌、乳酸杆菌等，有些对人体有害，为有害菌，如肠球菌等,还有些利害兼具（如大肠杆菌）。正常情况下，有益菌占有优势，各菌群相对保持稳定，不对人体产生危害，引起疾病。而一旦某些因素（如抗生素、食物中的腐败菌、放化疗等）破坏肠道菌群结构，导致肠内有益菌减少，有害菌增多，则出现菌群失衡现象，最常见的就是腹泻、便秘等肠道症状了。所以健康的肠道菌群很重要奥。
益生菌种类繁多，常见的有乳酸杆菌类（如嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌等）、双歧杆菌类（如长双歧杆菌、乳双歧杆菌等），每种益生菌还分为不同的菌株。其中有些是人体内原本就有的菌，如部分的乳酸杆菌、双歧杆菌、肠球菌；也有些菌不是人体内原本就有的，如枯草杆菌等。建议长期服用的话，最好选用人体内原本就有的菌，更安全。具体的可以依据国家对于益生菌产品能选用的菌种菌株的具体规定。比如，2011年10月，卫生部发布的公告，规定可用于婴幼儿食品的菌种名单中，只有4种菌6个菌株。
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