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查找GO 号-

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GO数据库的查找和浏览FAQ 3．在一些模式生物中,一个基因通常有多个与之相关的核苷酸序列,如EST、蛋白序列等。要查询到这些序列，可以从该模式生物数据库中通过基因联系（gene association）查询到基因获得ID(gene accession ID,或是分别在Compugen中查询大的转录产物（transcipt）和SWISS-PROT/TrEMBL中查询蛋白。 4. 如何得到由GO术语注解的蛋白序列？
在GO网页上选择能查询到所有数据库的Amigo浏览器，键入GO术语（如“线粒体”），在结果中显示了被注释的基因。然后选择你所需基因，在网页的最低端把选项拖至“get fasta sequence”区域，再确定即可。
5．如何能够找到所有和一个特定的GO术语相关的人类基因呢？
GO术语是和SWISS-PROT/TrEMBL/InterPro and Ensembl中的蛋白序列无赘余地对应的。这些注释在EBI上的GOA-Human 文件中，GO的FTP站点上，Ensembl，EMBL－Bank上都可找到。
6．可以直接使用GenBank的gi获取码在GO数据库中进行查询吗？
GO 数据库中除了Compugen所提供的GenBank获取码之外，没有包含其他GenBank获取码的信息，但是在EBI的GOA(GO Annotation中，有一个综合的对GenBank/EMBL/DDBJ进行查询的方式，详细请见：ftp: //ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/HUMAN/xrefs.goa. GO与其他分类系统的定位关系（Mapping to GO）
GO 并不只是希望为基因组建立一个标准化的、结构清晰的注释语言。GO致力于各种基因组数据库的标准化。GO为各种基因组分类系统和GO注释之间的转化提供了转化表，见http://www.geneontology.org/GO.indices.html

对于网上提交的每个文件都有一个任务id,请记下这个ID，以后可以用这个ID查询您生成的结果的。

使用WEGO一共是三个步骤:

1.上传原文件:支持4种文件格式:native format，或者利用InterProScan 得到的3种格式的输出文件，每种都已经给出了示例，请自己分别点击查看。通常情况下我们使用的都是第一种：native format.该文件的第一列是蛋白名称或者Accession Number,这个是您自己定义的，然后使用Tab键分隔后面的列，以后每个列都是该蛋白所属的GO分类。 native format:

Sample015379 Sample002815

Sample003749 GO:0009168 GO:0003876 Sample008447 GO:0005975 GO:0004563
Sample006173 GO:0007165 GO:0004629 GO:0007242
Sample020335 GO:0005840 GO:0005622 GO:0003735 GO:0006412 Sample022810 GO:0006468 GO:0005524 GO:0004672 Sample009365 GO:0016020 GO:0004970 GO:0005234 Sample007874
Sample001860 GO:0003676
Sample004534 GO:0006118 GO:0004497
Sample003313 GO:0005634 GO:0006355 GO:0003700

2.选择您关注的GO分类方法:GO本身对功能注释从3个方面给出：Celluar component,Molecular Function,Biological Process.
另外，每个分类下都有好多子分类，所以自己也可以选择分类的层级数，即要求给显示出到GO的第3层的分类还是第5层，这个在页面里又可以设置。然后点击preview，可以看到图片，不合适可以重新设置重新生成。

3.设置输出柱状图的颜色等设置:包括图片颜色,图例说明,图片输出格式PNG,GIF,SVG

您可以用网站中提供的样例数据提交生成一次试试，用过了就知道怎么回事了，其实挺简单的，在上传文件时注意选择上传文件的格式。

本文来源：https://www.2haoxitong.net/k/doc/a0e25d9b71fe910ef12df8a1.html