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高通量基因组测序中 测序深度,覆盖度
高通量基因组测序中 测序深度,覆盖度
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高通量基因组测序中,什么是测序深度和覆盖度?
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>
1G=1024M
>
>
>
>
测序深度是指
测序得到的总碱基数
>
>
>
>
与
待测基因组大小
的比值。
假设一
个基因大小为
2M
,测序深度为
10X
,那么获得的总数据量为
20M
。
(
测序深度
=
>
>
>
>
>
总数据量
20M/
基因组大小
>
>
>
>
>
2M=10X
覆盖度是指测
序获得的序列
占
整个基因组
的比例。
由于基因组中的高
GC
、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往
往无法覆盖有所的区域,
这部分没有获得的区域就称为
Gap
。
例如一
个细菌基因组测序,
覆盖度是
98%
,
那么还有
2%
的序列区域是没有
通过测序获得的。
1
>
>
>
>
、全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因
组测序,
并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
全基因组重测
序的个体,通过序列比对,可以找到大量的单核苷酸多态性位点
(SNP
,
插入缺失位点
(InDel
,
Insertion/Deletion
、
结构变异位点
(SV
,
Structure
Variation
位点。
SBC
可以协助客户,通过
生物信息
手段,
分析不同
个体基因组
间的结构差异,
同时完成注释。
技术路线
提取基因组
DNA
,利用
Covaris
进行随机打断,电泳回收所需长度的
DNA
片
段
(0.2~5Kb
,加上接头
,
进行
cluster
制备
(Solexa
或
E-PCR(SOLiD
,最后利用
Paired-End(Solexa
或者
Mate-Pair(SOLiD
的方法对插入片段进行重测序。
图
1-1
,
以
SOLiD
为例,说明整个实验方案。
>
>
>
>
>
2
、
外显子测序
>
>
>
>
折叠
也称目标
外显子
组捕获,是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域
DNA
捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的
编码序列
的
高效策略,
外显子测序相对于基因组重测序成本较低,
对研究已知基因的
SNP
、
Indel
等具有较大的优势。
外显子
(expressedregion
是真核生物基因的一部分,
它在剪接
(Splicing
后仍会
被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在
成熟
RNA
中的基因序列,
又称表达序列。
既存在于最初的
转录
产物中,
也存在于成
熟的
RNA
分子中的核苷酸序列。在人类基因中大约有
180,000
外显子
,占人类基
因组的
1%
,约
30MB
。
本文来源:
https://www.2haoxitong.net/k/doc/21575d3076a20029bc642dbd.html
《高通量基因组测序中 测序深度,覆盖度.doc》
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