企业申报医保费缴纳基数不实。按规定参保单位在位企业职工办理医疗保险时，在职职工收入低于本统筹地区上年度职工工资６０％的，按６０％缴纳基本医疗保险费；国有企业下岗职工保险费按照本地区上年度职工平均工资的６０％为基数，向医保经办机构缴纳。参保单位在申报缴费基数时，就可能存在申报基数不实或者不按规定缴纳保费的情况。尤其对于中小企业来说，如果全额缴纳保险费，可能会造成企业负担过重而不愿意参保，为了减少保费开支，而在申报工人工资时只按照部分工资计算后的应缴额进行申报，没有严格按照企业自身上一年度平均工资作为缴费基数。
同时参加城镇居民医疗保险和新农合。城镇居民医疗保险是由社会保障部门进行管理，而新型农村合作医疗保险是由卫生管理部门进行征收管理，由于管理比较分散，导致存在部分人员同时参加城镇居民医保和新农合的可能性。如果同时参加两种保险，参保人员在住院治疗后就可以既在医保中心报销医疗费用，又在新农合管理部门报销医疗费，重复报销，套取医保金。在审查时就应该获取新农合的参保数据，将城镇居民医保的参保人员与新农合的参保人员进行对比，看是否存在同时参加两种医疗保险的情况。
医疗保险基金征收情况审计。
１医保基金管理部门审核把关不严。在医保基金管理部门审核参保单位缴费基数时，可能存在下面两种情况：一是在参保单位将企业的缴费基数申报到医保基金管理部门时，由于参保单位较多，医保基金无法逐一核实企业申报缴费基数的真实性，只能依靠抽查方式查出问题。二是许多企业如果全额缴纳医保费，可能会使企业负担过重而选择不参加医保，医保基金管理部门为了扩大医保基金征缴的覆盖面而将其缴费标准降低到上年度职工平均工资的６０％予以征收，以增加以保证征缴范围和征收总额。
２企业欠缴少缴。保险机构收缴保险费时间是每季一次，也可以半年或一年缴纳一次，一般于?A季末、年末前办理。应关注保险费能否及时缴纳，以及不能及时缴纳的原因。应该延伸审查未及时缴纳保险费的企业，核对企业是否足额提取应缴的保险费。
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