优点
1、无辐射损伤。
2、多参数成像与高对比度：CT只有一个成像参数，即X线吸收系数。MRI至少有4个成像参数，即T1、T2、质子密度和流速。利用上述参数，软组织对比度明显高于CT。
4、无骨伪影：如后颅凹及椎管内等部位的图像质量和对病变的诊断显著优于CT。
5、任意方位断层直接成像：MRI可行横轴位、矢状位、冠状位或斜位断层，有利于病变显示和立体定向。
缺点
1、扫描时间偏长，对某些器官和疾病的检查还有限度。
2、钙化显示不佳，在MR图像上的表现比较复杂，与其钙质含量、矿物质成份及结晶形态有关。完全的钙化在T1WI和T2WI上均表现为低信号；而不成熟的钙化，特别当钙化结晶表面不规则时，其周围可有很多结合水存在，因此在T1WI上可表现为高信号。
3、骨性结构显示相对较差，因骨质结构的H质子含量很低，在MR图像上骨质结构一般显示欠佳，但MRI对骨髓内病变特别是骨髓水肿、骨髓内肿瘤浸润等的显示优于CT。
4、伪影相对较多。
5、信号复杂，部分定性困难。
6、禁忌症及相对禁忌症多：在MRI检查时，病人要避免带铁器等磁性物品，如手表、金属项链、假牙、金属钮扣、金属避孕环等，以免影响磁场的均匀性，不利病灶显示。装有心脏起搏器者，严禁作MRI检查。
脊柱（颈段、胸段、腰段）MRI检查方法
检查前准备：
去除身上金属物(内衣,耳环，项链，药膏等)。
线圈及体位：
颈段采用颈部相控阵列线圈，患者取仰卧位。线圈中心线：颈段对准甲状软骨，胸段对准双侧乳头连线，约胸六椎体平面，腰段对准脐上3cm处。
四肢关节MRI检查方法
检查前准备：
去除身上金属物。
线圈及体位：
髋关节采用体部阵列线圈或体部包绕式柔线圈及体线圈。仰卧位头先进，线圈中心对准耻骨联合上缘。
膝关节采用包绕式表面柔线圈或头线圈。仰卧位足先进，线圈中心对准髌骨下缘。
肩关节采用肩部包绕式表面线圈或体部阵列线圈。仰卧位头先进，线圈中心对准肱骨头。
上臂、小腿及小关节采用矩形表面线圈，检查部位对准线圈中心。
腹部MRI检查方法
检查前准备：
腹部MRI成像检查前4小时禁食禁水，训练患者屏气,。
线圈及体位：采用体部相控阵线圈。取头先进仰卧位，，如使用呼吸补偿感应器，可安装于上腹部正中。肝胆脾及胰腺检查，中心线对准肋弓中点。肾脏检查，中心线对准剑突与脐孔连线中点。
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