征收环保税主要为了实现以下目的和作用：一是进一步绿化税制，促进经济发展方式转变；二是减少污染物排放和能源消耗，促进经济结构调整和产业升级；三是理顺环境税费关系，推动地方政府加强环境保护工作；四是加强部门配合，强化征管，保护纳税人合法权益。
环境保护税法遵循的基本原则可以归纳为以下几点。一是重在调控。征收环境保护税，首要目的不是取得财政收入，而是使污染者和破坏生态者承担必要的污染治理与环境损害修复成本，引导企业生产经营行为，减轻环境污染和生态破坏。二是正税清费。三是合理负担。兼顾发挥调节功能和纳税人实际承受能力，综合考虑现行排污收费标准、污染治理成本和环境损害修复成本之间的关系，合理确定环境保护税的税负水平。四是有利征管。科学设计环境保护税的征管方式，力求简便易行，加强环保部门和财税部门配合，明确相关部门的法律责任，堵塞征管漏洞，降低税收征纳成本。
环保税作为新的税收政策，将排污费这一经济手段以税收这样一种更强有力的形式固定下来，将更好地发挥刺激企业治理污染的作用，促使企业环境外部成本内部化。也将进一步促进环保部门与税务部门的信息沟通与协作，加强对企业污染行为的监管。征求意见稿中有奖惩条款，以鼓励企业达标排放和实现总量减排目标。
环境保护税与排污费在征收标准、征管方式等方面都有所不同。对于企业来说，既是机遇又是挑战。标准提高，刺激力度加大，自行申报缴纳税额的压力和责任也就更大。但是将起到进一步规范企业环境行为、创造行业公平竞争环境、优胜劣汰等作用。环保税也将进一步促进环保部门与税务部门的信息沟通与协作，加强对企业污染行为的监管。
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