1994年分税制改革的意义，无论是相对于构建与市场经济相适应的现代财政管理体制，还是在更为科学地划分中央与地方财权关系基础，提高财政收入占GDP、中央财政收入占全国财政收入两个比重而言，都是值得称道的。十余年来的平稳运行和从容调控也证实了这一点。但作为当时条件下的一种渐进改革方案，随着实践的进展和矛盾的累积，体制不完善之处也不容忽视。
支出调控能力仍有较大差距
1994年的财税体制改革虽然实现了财政收入的快速增长和“两个比重”的迅速提高，彻底扭转了财政尤其是中央财政长期被动的局面，但财权的调整并不意味着事权关系也同时得到理顺，通过支出体现的调控能力仍然存在较大的差距。
这一问题可从三个方面来比较：一是财政总支出占GDP的比例偏低。
发达国家财政支出的规模平均达到了GDP的40%左右，中东欧等转轨国家2000年分别平均达到了42%和33%。我国财政总支出的规模在改革开放后一直呈下滑趋势，分税制改革后这一趋势得到扭转，但直到现在这一比例也只有20%多一点。二是中央财政支出占总支出的比重偏低。发达国家中央财政支出占总支出的比重平均达到了60%以上，一些转轨国家中央财政支出占总支出的比重平均也达到了60%。我国中央政府占总支出的比重却呈现出逐年下降的态势。如果持续保持这种低水平的国家总财力和中央政府相对财力，就会在国家财政能力和实际需求之间出现比较大的缺口。三是预算外资金大量存在。不少地方为平衡财政收支，促进地方经济建设，把某些财政职能转移到其他政府部门，力求避免财政体制对地方财力的制约。这些被外移的财政职能和政府部门的行政权威相结合，缺乏必要的财政监督，导致地方预算外资金规模急剧膨胀。
省以下财政体制有两大矛盾
1994年的分税制改革主要着眼于规范中央与省级财政之间的收入与支出关系，对省级以下财政体制的改革并未作明确规定。由此产生两个矛盾：一是财政收支矛盾随体制运行而越来越集中于基层县和乡，一些正常性支出无法得到保证。财力集中缺乏划分税种的规范性，财权上收缺乏事权调整相配套，使县、乡两级支出基数和支出刚性增大，从而产生了省以下体制的矛盾和省以下各级政府的财权、事权关系不对称问题。二是基层财政矛盾已呈现向中央财政集中的趋势，逐渐形成支出的倒逼机制。在省以下体制无力自行调控的情况下，中央财政不得不在工资性支出、农村税费改革等方面实施专项转移支付，加剧了中央财政收入与实际可用财力之间的矛盾。在转移支付能力不足的情况下，各地由于经济发展基础和潜力的巨大不平衡，分税制后省际间财力调剂和省内县际间财力调剂的压力很大。
值得注意的是，与1995年转移支付制度刚实施时相比，中央对地方的转移支付结构中，各种应急性的专项转移支付所占的比重，已取代税收返还等存量部分居第一位。在这些专项转移支付在财权、事权关系不规范的情况下，它的迅速增加可能使财力增量部分的支出安排脱离分税原则和财权、事权的匹配关系，重新陷入界定不清的状态。
政府行政级次需要调整
我国目前仍在实行中央、省、市、县、乡五级行政体制和与之配套的财政体制，随着市场化程度的加深，政府行政体制和政府间关系也应当进行相应的调整。1994年的财税体制改革虽然实现了“两个比重”的迅速提高，但没有触动五级财政管理体制。过多的财政级次分割了政府间财政能力，使各级政府之间的竞争与权力、责任安排难以达到稳定的均衡状态，并进一步加大了纳税人对政府的监督难度。
行政级次对财政级次调整的制约是分税制改革时所未能预料到的。随着这一问题的被关注，政府行政级次的调整正在引起广泛的讨论。其中有代表性的建议如实行“强权扩县”的方案，即第一步通过“放权”，赋予县相当于地级市的经济和社会管理审批权限；第二步是“脱钩”，即在条件成熟的地方由省直管县，实现县市和所在地级市“脱钩”；第三步是“分省”，即划小省的管辖范围。这些无疑都需要一个较长的试验过程。
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